Lavoro su dati già sequenziati — FASTQ, BAM/CRAM o VCF — provenienti da laboratori, centri clinici, gruppi di ricerca e privati. Il servizio può fermarsi al dato annotato oppure arrivare al referto genetico firmato.
I work on already-sequenced data — FASTQ, BAM/CRAM or VCF — from laboratories, clinical centres, research groups and private clients. The service can stop at annotated data or go all the way to a signed genetic report.
Controllo qualità, allineamento accelerato su GPU, marcatura duplicati, ricalibrazione e chiamata delle varianti. Ogni genoma viene processato due volte, su hg38 e su T2T CHM13v2.0.
Quality control, GPU-accelerated alignment, duplicate marking, recalibration and variant calling. Every genome is processed twice, on hg38 and on T2T CHM13v2.0.
Annotazione completa (VEP) con frequenze gnomAD esoma e genoma, MAX_AF, significato clinico, predittori di patogenicità e conseguenza per trascritto, isoforma per isoforma.
Full VEP annotation with gnomAD exome and genome frequencies, MAX_AF, clinical significance, pathogenicity predictors and per-transcript consequence, isoform by isoform.
Quello che un'analisi standard di esoma lascia fuori: variazioni del numero di copie, espansioni di ripetizioni, regioni di omozigosità e UPD, ricostruzione dell'ereditarietà nei trio.
What a standard exome analysis leaves out: copy number variation, repeat expansions, runs of homozygosity and UPD, inheritance reconstruction in trios.
Le varianti candidate vengono lette contro il fenotipo del paziente (HPO), la letteratura e i database di malattia, e classificate secondo criteri ACMG/AMP. Il risultato è una lista ragionata, non un elenco di numeri.
Candidate variants are read against the patient's phenotype (HPO), the literature and disease databases, and classified with ACMG/AMP criteria. The output is a reasoned shortlist, not a dump of numbers.
Un esoma chiuso come negativo anni fa non è un caso chiuso. Rianalizzo i dati grezzi con pipeline e basi di conoscenza aggiornate, estendendo la ricerca alle classi di varianti che allora non venivano cercate.
An exome closed as negative years ago is not a closed case. I re-analyse the raw data with updated pipelines and knowledge bases, extending the search to variant classes that were not looked for at the time.
Per le varianti missenso dubbie: conservazione evolutiva, dominio colpito, modello strutturale AlphaFold e predizione dell'impatto sul ripiegamento. Serve a trasformare un VUS in un'ipotesi verificabile.
For uncertain missense variants: evolutionary conservation, affected domain, AlphaFold structural model and predicted impact on folding. It turns a VUS into a testable hypothesis.
